Aperçu
HDinHD
HDinHD (maladie de Huntington en haute définition ; HDinHD.org) est un portail en ligne ouvert pour la communauté de recherche sur la MH qui présente une vue synthétisée des données scientifiques liées à la MH, en grande partie précliniques.
L'objectif de HDinHD est de favoriser et de soutenir une communauté collaborative unie dans sa volonté d'accélérer le développement de traitements qui retarderont l'apparition et/ou amélioreront les effets de la maladie de Huntington. HDinHD cherche à y parvenir à travers :
- Partager des données scientifiques primaires liées à la MH
- Partager des analyses et des modèles informatiques construits à partir de données scientifiques liées à la MH
- Fournir des outils de navigation et d'interrogation de données sur les données primaires et analysées qui facilitent l'exploration des données et la génération d'hypothèses
- Créer un forum pour les chercheurs MH afin de mettre en valeur leurs données, leurs outils, leur savoir-faire et leurs connaissances auprès de la communauté
Nous soulignons ci-dessous plusieurs outils et ressources de données disponibles en téléchargement sur HDinHD.
Un aperçu des éléments de HDinHD, avec une démonstration de HD Explorer.
Cette vidéo a été initialement présentée lors de la conférence annuelle CHDI HD Therapeutics, du 27 au 29 avril 2021.
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OUTILS
GWAS
Les outils suivants ont été développés par le Consortium sur les modificateurs génétiques de la maladie de Huntington (GeM-HD) afin de donner accès aux résultats à l'échelle du génome issus des analyses des modificateurs génétiques de la maladie de Huntington.
Outils
HD Explorer
HD Explorer présente un réseau intégré de données expérimentales MH organisées et analysées à partir de la littérature, des référentiels omiques communautaires et des rapports internes de CHDI récemment publiés. HD Explorer comprend les éléments suivants :
Publications et rapports de CHDI
Articles PubMed ou rapports de programmes de CHDI référencés dans l'écosystème HDinHD. La plupart des publications sont liées à des données expérimentales détaillées sur HDinHD.
Etudes des Interacteurs Htt
Rapports d'interactions protéine-protéine HTT (mutants ou WT) - à la fois positifs et négatifs - sélectionnés à partir de la littérature.
Études de perturbations
Méthodes, résultats et détails expérimentaux d'études interventionnelles (pharmacologiques, génétiques, mode de vie, etc.) appliqués à un modèle MH. Les données ont été sélectionnées à partir de plus de 1 500 articles PubMed et rapports du programme CHDI.
Études omiques
Ensembles de données MH et liés à la MH tirés de GEO, PRIDE, ArrayExpress et d'autres référentiels omiques du domaine public. Les ensembles de données sont conservés et analysés, et des liens sont fournis vers des ensembles de gènes résultant de ces analyses.
Ensembles de gènes
Ensembles de gènes dérivés de publications, de rapports de programmes CHDI, d'études de perturbation HD et d'ensembles de données omiques communautaires. Ces ensembles de gènes composent HDSigDB, une bibliothèque d'enrichissement d'ensembles de gènes conçue pour fournir un contexte fonctionnel riche pour l'analyse d'enrichissement d'ensembles de gènes liés à la MH.
Modèles de souris MH
Un catalogue de modèles de souris distincts décrits dans la littérature HD ainsi que des modèles de souris disponibles sous licence auprès de CHDI. Les lignes de modèles de souris individuelles sont liées de manière bidirectionnelle dans HD Explorer vers/à partir des données expérimentales publiées générées à l'aide de ce modèle de souris.
En vigueur au 7 octobre 2024
Publications et rapports de CHDI
Articles PubMed ou rapports de programmes de CHDI référencés dans l'écosystème HDinHD. La plupart des publications sont liées à des données expérimentales détaillées sur HDinHD.
Etudes des Interacteurs Htt
Rapports d'interactions protéine-protéine HTT (mutants ou WT) - à la fois positifs et négatifs - sélectionnés à partir de la littérature.
Études de perturbations
Méthodes, résultats et détails expérimentaux d'études interventionnelles (pharmacologiques, génétiques, mode de vie, etc.) appliqués à un modèle MH. Les données ont été sélectionnées à partir de plus de 1 200 articles PubMed et rapports du programme CHDI.
Études omiques
Ensembles de données HD et liés à la HD tirés des études moléculaires GEO, PRIDE et ArrayExpress. Les ensembles de données sont conservés et analysés, et des liens sont fournis vers des ensembles de gènes résultant de ces analyses.
Ensembles de gènes
Ensembles de gènes dérivés de publications, de rapports de programmes CHDI et de référentiels communautaires « omiques ». Ces ensembles de gènes composent HDSigDB, une bibliothèque d'enrichissement d'ensembles de gènes conçue pour fournir un contexte fonctionnel riche pour l'analyse d'enrichissement d'ensembles de gènes liés à la MH.
Modèles de souris MH
Un catalogue de modèles distincts de souris HD décrits dans la littérature. Les lignes de modèles de souris individuelles sont liées de manière bidirectionnelle dans HD Explorer vers/à partir des données expérimentales publiées générées à l'aide de ce modèle de souris.
À jour au 1 janvier 2023
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Signatures moléculaires dans le striatum de souris
Nos partenaires de Rancho BioSciences ont effectué une analyse complète des données génétiques et protéiques générées à partir d'une série allélique de souris knock-in (KI) contenant un nombre croissant de répétitions CAG. Une signature de maladie à 266 gènes striataux et une signature de maladie à 115 protéines striatales ont été développées et validées dans des ensembles de données externes. Ces signatures représentent des lectures moléculaires de la progression de la maladie dans des modèles de souris MH, caractérisent davantage leur phénotype lié à la MH et peuvent être utiles dans l'évaluation préclinique d'interventions thérapeutiques candidates.
La section Téléchargements de HDinHD comprend une section de signature sur la maladie du striatum, contenant les éléments suivants :
- Un compte rendu complet de l'analyse des données KI de la série allélique de souris
- Tous les résultats d'expression différentielle des gènes et des protéines dans 14 tissus de souris centraux et périphériques
- Scripts d'analyse utilisés pour générer les données
Le manuscrit peut également être téléchargé à partir du bioRxiv.